Huyện này có tiền thân là huyện Lamphun quản lý phần đông nam của tỉnh ngày nay. Ban đầu, huyện được chia ra thành 7 tambon - Ban Na, Tha Ruea, Kobkaeb, Thung Tao, I-Pan, Prasaeng và Phanom. Năm 1899, phần phía nam đã được tách ra để lập huyện Prasaeng và tiểu huyện Phanom.

Ban đầu, huyện thuộc Nakhon Si Thammarat, và đã được chuyển cho Chaiya (nay là Surat Thani) năm 1906.[1]

Ngày 29 tháng 4 năm 1918, huyện đã được đổi tên thành Ban Na, theo vị trí trụ sở huyện. Ngày 1 tháng 7 năm 1938, trụ sở huyện đã được dời đến Na San và huyện được đổi tên thành Ban Na San ngày 20 tháng 4 năm 1939.[2] Thập niên 1970, huyện này đã bị giảm diện tích khi các huyện Khian Sa, Wiang Sa và Ban Na Doem được tách ra.